Sau sự sụp đổ của Bức tường Berlin và sự chuyển đổi của SED thành Đảng Xã hội chủ nghĩa Dân chủ (PDS), Wagenknecht được bầu lên Ủy ban Quốc gia của chính đảng này vào năm 1991. Bà gia nhập cánh Cương lĩnh Cộng sản theo chủ nghĩa Marx-Lenin của PDS.[6]

Trong cuộc bầu cử liên bang Đức 1998, Wagenknecht tranh cử với tư cách ứng viên PDS tại khu vực Dortmund nhưng chỉ nhận được 3,25% số phiếu. Theo sau cuộc bầu cử châu Âu 2004, bà được tiến cử làm đại diện cho PDS ở Nghị viện châu Âu. Bà công tác trong Ủy ban về các vấn đề kinh tế và tiền tệ và đại biểu, cũng như trong Hội đồng Nghị viện Châu Mỹ Latinh.[6][9]

Theo sau sự hợp nhất giữa PDS và WASG thành Tả Phái (Die Linke), Wagenknecht đã cân nhắc việc tranh cử cho ghế phó chủ tịch đảng mới. Tuy nhiên, ý kiến này bị các lãnh đạo Đảng như Lothar Bisky và Gregor Gysi phản đối, sở dĩ vì Wagenknecht có cảm tình với Đông Đức cũ. Theo sau xung đột này, bà quyết định không ra tranh cử. Năm 2009, Wagenknecht giành được một ghế tại Nordrhein-Westfalen trong cuộc bầu cử liên bang.[10]